wiki:calcul_intro

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Table of Contents

Moyens de calcul accessibles au personnel du LPSC

Mise à jour de la page : 5 juillet 2018

Le LPSC est doté d'une ferme de machines communes locales, dénommées lpsc-c*.

Calcul sur la grille

CC-IN2P3 :

  • Ferme HTC (SL6, CentOSL7), mise à disposition de singularity (offre légère de conteneurisation) avec à disposition des images SL6, CentOS7, Debian, Ubuntu
  • Ferme HPC (CentOS7), 512 coeurs physiques et 2 To de RAM agrégée, infiniband 40 Gbps
  • Ferme de GPGPU (CentOS7), 40 Nvidia Tesla K80 (10 machines de 4 GPU 16 cœurs) dont 2 machines accessibles en batch interactif

GRICAD, UMS CRNS, pôle calcul CIMENT : Le LPSC entretient une collaboration avec le mésocentre CIMENT des Universités Grenobloises. Dans ce cadre, les utilisateurs du LPSC qui ont besoin de ressources HPC ou de GPU (Nvidia K20 et K40) peuvent accéder à ce mésocentre. Le mésocentre CIMENT est un Tier-2 dans la pyramide HPC pour lequel l'accès est plus léger que les centres HPC de niveau Tier-1 ou bien Tier-0. Si vous avez un projet scientifique qui nécessite ce type de calculs hautement parallèle, merci de contacter directement le service informatique du LPSC. En plus de ces ressources HPC, une grille de calcul en mode opportuniste (votre tâche de calcul n'est pas prioritaire et peut être supprimée) est proposée.

  • HTC (opportuniste), HPC , GPGPU
  • nouvelle machine « bigdata » attendue pour l'automne 2018, offre de service pas clarifiée à ce jour

CC-IN2P3 et GRICAD : dépôt de demande préalable

Si notre ferme locale de calcul ne répond pas à la puissance de calcul dont vous avez besoin, nous pouvons vous aider à accéder à des grilles de calcul. Ces grilles sont adaptés à des calculs séquentiels, qui peuvent être soumis en grand nombre. Dans ce cadre, les utilisateurs du LPSC peuvent avoir accès à :

  • la grille de calcul européene EGI : le LPSC participe à l'effort de la branche française de la grille EGI (France-Grilles), pour cela les utilisateurs du LPSC ont accès à cette grille et à ses 18 sites actuellement en production en France.
  • la grille de calcul CIGRI : cette grille est bâtie sur les supercalculateurs qui forment CIMENT, le mésocentre de calcul HPC des universités de Grenoble. Les tâches adaptées à cette grille sont de courte durée (de quelques heures maximum) car les supercalculateurs sont exploités en mode opportuniste.

Les utilisateurs de certains expériences comme ATLAS ou ALICE sont organisés dans des Organisations Virtuelles (VO) qui ont accès à la grille Européenne à travers leur expérience. Par contre, les grilles de France-Grilles et de CIMENT peuvent être accédés par tous utilisateurs du LPSC. Si vous êtes intéressés, merci de contacter directement le service informatique.

Interfaces utilisateurs (UI)

  • le LPSC a mis en place deux UI (Interfaces utilisateurs) pour accéder directement à la grille EGI :
    • lpsc-ui
    • lpsc-emi-ui
  • pour les utiliser, faire un ssh avec votre login et mot-de-passe courant.


Liens Informatifs



Un lien utile pour commencer la programmation parallèle où on peut trouver énormément de documentation : ​http://calcul.math.cnrs.fr



Quelques définitions

Travailler en interactif ou en utilisant un système de batch :

Un travail interactif démarre lorsque vous vous connectez à une machine et se termine quand vous vous en déconnectez. Durant votre temps de connexion, vous interagissez manuellement avec le système soit en ligne de commande soit via un environnement graphique et le système réagit pour chacune de vos requêtes. C'est la méthode la plus simple de travailler, plutôt adaptée pour vous familiariser avec un système ou encore pour des travaux nécessitant de fréquentes interventions de votre part.

Un batch consiste en un programme unique ou un groupe de programmes qui ne réclament pas d'interaction manuelle entre vous et le système. Toutes les commandes ainsi que les données nécessaires sont présélectionnées à travers des scripts. Les batchs sont soumis à un ordonnanceur (scheduler), qui les fait entrer dans une file de jobs (queue). Celle-ci peut contenir de nombreux autres jobs en attente, lancés par d'autres utilisateur. L'ordonnanceur lancera le batch quand tous ceux de la file soit ayant été soumis avant soit ayant une priorité plus haute seront terminés. Vous utilisez les batchs lorsque vos programmes nécessitent de longs temps de calcul sans interaction nécessaire, pour des traitements lancés en parallèle ou encore pour lancer de nombreux traitements de façon simultanée. Vos programmes lancés en batch vous permettent également, une fois lancés, de vous déconnecter de la machine et vous pouvez même éteindre votre ordinateur, cela n'affectera pas leurs traitements.

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