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= Machines communes =


== Serveurs de calcul ==
Des serveurs de calcul sont mis à la disposition des utilisateurs du LPSC. Certains sont réservés à l'usage de groupe alors que d'autres sont à usage général. La liste de ces serveurs et leur fonction est donnée sur la page [wiki:ServeursLpsc#Serveursdecalcul]. Pour se logger sur ces serveurs, utilisez vos login et mot de passe habituels.

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== Ferme de machines communes == 
Le LPSC est doté d'une ferme de machines communes locales, dénommées lpsc-c*. Ces machines ont été installées dans 3 pools de versions différentes de Linux : Centos7 , Fedora30 et Almalinux9. Chaque pool est composé de machines installées de façon identique (via les logiciels QUATTOR et Ansible). Toutes mises à jour ou ajouts de paquets sur une machine seront répercutés sur toutes les machines de chaque pool.

Notre ferme de calcul locale est composée des machines suivantes :
 - **lpsc-c0** : un poweredge 1950 à 24 processeurs et 94 Go RAM en Centos
 - **lpsc-c8** : un poweredge R620 à 32 processeurs et 125 Go de RAM en Centos
 - **lpsc-c12** et **lpsc-c13** : deux poweredge R610 à 24 processeurs et 96 Go de RAM en Fedora
 - **lpsc-c14** et **lpsc-c15** : deux poweredge R640 à 48 processeurs et 256 Go de RAM en Fedora
 - **lpsc-c16** à **lpsc-c19** : quatre powerEdge C6420 à 48 processeurs et 128 Go de RAM en Alma linux
 - **lpsc-c20** à **lpsc-c28** : neuf powerEdge C6420 à 40 processeurs et 128 Go de RAM en Alma linux
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L'accès à ces machines s'effectue par `ssh -X` avec votre login/mot de passe habituel. Il est possible de les utiliser en mode interactif ou en batch.

**Monitoring** disponible sur https://lpsc-monitoring.in2p3.fr

Sur toutes ces machines, voilci les applications recommandées pour les différents types de fichiers (n'hésitez pas à nous contacter pour agrandir cette liste) :
 - images => display
 - pdf => evince
 - texte => vi, emacs, gedit, nedit

Pour toutes ces machines, certains logiciels sont utilisables quelque soit le pool utilisé :
 - Matlab est installé dans /utils/MATLAB/latest. Il existe d'autres versions de ce logiciel dans /utils/MATLAB.
 - IDL (logiciel d’analyse et visualization de données ) version 8.8.2 est installé dans /usr/local/harris. Il existe d'autres versions de ce logiciel dans /utils/IDL.
 - PGI Portland Group (NVIDIA HPC SDK): Pour avoir accés aux différents compilateurs, il faudra modifier votre variable PATH ($ PATH=/opt/nvidia/hpc_sdk/Linux_x86_64/22.5/compilers/bin:$PATH; export PATH)

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 - **Pour les serveurs en Centos7** (2 machines : lpsc-c0 et lpsc-c8), voici la liste des logiciels installés (visible en interne seulement) :

{{{
#!html
<iframe style='width: 1100px; height: 300px;' src='https://lpsc-intranet.in2p3.fr/machines_communes/Centos7/packages.html'>No iframe</iframe>
}}}

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 - **Pour les serveurs en Fedora** (4 machines : lpsc-c12 à lpsc-c15), voici la liste des logiciels installés (visible en interne seulement) :

{{{
#!html
<iframe style='width: 1100px; height: 300px;' src='https://lpsc-intranet.in2p3.fr/machines_communes/FEDORA/packages.html'>No iframe</iframe>
}}}

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**IMPORTANT :**

Pour toutes les machines, CVMFS est installé et vous permet d'utiliser toutes les releases de logiciels du CERN. ATTENTION cela ne fonctionne qu'en bash, pas en tcsh. Pour cela, vous devez exécuter :
{{{
export ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE=/cvmfs/atlas.cern.ch/repo/ATLASLocalRootBase
source $ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE/user/atlasLocalSetup.sh
}}}

Par exemple pour connaitre toutes les versions de gcc disponibles :

{{{
showVersions gcc
}}}

Pour utiliser la version 6.200 de gcc :

{{{
lsetup  "gcc gcc620_x86_64_slc6"
}}}

La même méthode peut être utilisée pour choisir une version de root.

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== Utilisation de MPI sur la ferme locale == 

En premier vous devez ajouter /opt/mpich-1.2.7p1/bin à votre PATH.

Essayer ensuite de d'utiliser un des deux codes d'exemple suivants (en fonction du language désiré) :

{{{
c  Fortran example  
      program hello
      include 'mpif.h'
      integer rank, size, ierror, tag, status(MPI_STATUS_SIZE)
   
      call MPI_INIT(ierror)
      call MPI_COMM_SIZE(MPI_COMM_WORLD, size, ierror)
      call MPI_COMM_RANK(MPI_COMM_WORLD, rank, ierror)
      print*, 'node', rank, ': Hello world'
      call MPI_FINALIZE(ierror)
      end
}}}

ou

{{{
#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char** argv){
  int rank, size;

  MPI_Init (&argc, &argv);	/* starts MPI */
  MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &rank);	/* get current process id */
  MPI_Comm_size (MPI_COMM_WORLD, &size);	/* get number of processes */
  char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
  int name_len;
  MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
  printf( "Hello world from process %d of %d executed on %s\n", rank, size, processor_name );
  MPI_Finalize();
  return 0;
}

}}}

Pour compiler : mpif77 code.f ou mpicc code.c

Pour exécuter : mpirun -np 4 a.out ( => lance sur 4 processeurs)

Lors de l'exécution, une connexion ssh sera effectuée sur chacun des noeuds. Afin de faciliter ces connexions, vous pouvez mettre au point une clé privée/publique, afin de ne pas toujours devoir saisir votre mot de passe.

De nombreuses options existent pour configurer le nombre de processeurs, les machines à utiliser, ... N'hésitez pas à lire l'aide de mpirun : mpirun -help.


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== Utilisation du batch HT-Condor sur la ferme locale == 

Pour soumettre un job en batch sur la ferme de calcul , il faudra le lancer depuis **lpsc-c28**, **lpsc-c16** (Almalinux), **lpsc-c13** (Fedora) et **lpsc-c8** (Centos7) qui sont les machines de soumission.
Pour pouvoir soumettre un job avec HTCondor il est nécessaire d’avoir un fichier de soumission et le fichier de description de soumission. Le fichier de description de soumission sera lu par HTCondor pour qu’il puisse soumettre le fichier de soumission(job).

==== exemple d'un fichier de soumission :====

{{{
 more testprog01.sh
#! /bin/sh
echo "HT-condor testprog01"
echo "I'm process id $$ on" `hostname`
echo "This is sent to standard error" 1>&2
date
echo "Running as binary $0" "$@"
echo "My name (argument 1) is $1"
echo "My sleep duration (argument 2) is $2"
sleep $2
echo "Sleep of $2 seconds finished.  Exiting"
exit 0
}}}

==== exemple d'un fichier de description de soumission: ====
{{{
more testprog01.submit
executable=testprog01.sh
universe=vanilla
arguments=Example.$(Cluster).$(Process) 100
output=results.output.$(Process)
error=results.error.$(Process)
log=results.log
notification=never
should_transfer_files=YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT
queue
}}}

==== exemple d'un fichier de description de soumission en sélectionnant Almalinux9 comme Operating System:====
{{{
more testprog2.submit
executable=testprog01.sh
universe=vanilla
arguments=Example.$(Cluster).$(Process) 100
output=results.output.$(Process)
error=results.error.$(Process)
log=results.log
notification=never
should_transfer_files=YES
when_to_transfer_output = ON_EXIT
requirements = (OpSysAndVer =?= "AlmaLinux9")
queue
}}}

Pour choisir Centos7:  
{{{
requirements = (OpSysAndVer =?= "CentOS7")
}}}
Pour choisir Fedora39:  
{{{
requirements = (OpSysAndVer =?= "Fedora39")
}}}
==== Soumettre un job en batch : condor_submit ====
condor_submit testprog01.submit

==== Voir l'avancement de nos jobs avec la commande : condor_q ou condor_q -run ou condor_q -long====
{{{
[chris@lpsc-c2:~/HT-CONDOR]> condor_q


-- Schedd: lpsc-c2.in2p3.fr : <134.158.40.121:30703?...
 ID      OWNER            SUBMITTED     RUN_TIME ST PRI SIZE CMD               
  12.0   chris           8/28 10:23   0+00:00:02 R  0   0.0  testprog01.sh Exam

1 jobs; 0 completed, 0 removed, 0 idle, 1 running, 0 held, 0 suspended
}}}

====  suppression de nos jobs de la file d'attente(idle): condor_rm====
condor_rm -all supprime tous nos jobs de la file d'attente(idle)

==== Pour voir toutes les machines disponibles dans le batch ====
condor_status -avail

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====  Quelques liens intéressants====
 - http://www.iac.es/sieinvens/siepedia/pmwiki.php?n=HOWTOs.CondorHowTo#howto_nestloop
 - https://www-auth.cs.wisc.edu/lists/htcondor-users/2016-August/msg00034.shtml
 - http://www.iac.es/sieinvens/siepedia/pmwiki.php?n=HOWTOs.CondorSubmitFile